日本には、健康に良いとされている発酵食品が多く存在していますし、調味料をとってみても味噌や醤油などが使われていて、原料となる大豆などに塩と麹を加えて作られていきます。
味噌や醤油以外にも、漬物や納豆など多くの発酵食品があります。
発酵食品は、原料となる米・大豆・麦などに、微生物である菌を入れて、分解・発酵させて作られます。
発酵することにより、微生物が米・大豆・麦などの原料のでんぷんや蛋白質、資質などを分解し、糖やアミノ酸が生成されます。
これらの発酵に使われる微生物は、麹菌、酵母菌、乳酸菌、酢酸菌、納豆菌などがあり、日本食独特の旨味なども作り出してきました。
麹菌
麹菌は、糸状菌でいくつかの種類が発酵に使われています。
発酵に使われる代表的なものとしては、Aspergillus aryzae（アスペルギルス・オリゼ）があり、清酒の他、味噌や醤油の製造などに幅広く使われていて、日本酒造学会では、日本の国菌に認定されています。
味噌や醤油には、Aspergillus sojae（アスペルギルス・ソーヤ）、泡盛には、Aspergillus lucbuensis（アスペルギルス・リューチューエンシス）が使われたりします。
肉や魚を調理するときに、あらかじめ塩麹につけておくと、やわらかくてジューシーな食感が楽しめます。
酵母菌
酵母といって真っ先にビールを連想する人もいると思いますが、酵母菌は、糖を分解して二酸化炭素とアルコールを生成します。
ビールは酵母菌のアルコール発酵によって作られますが、清酒やワインの他にも、醤油を作るときにも使われています。
醤油の場合は、まずは麹菌で発酵させて醤油麹を作り、酵母菌を使って独特の香味を引き出したりします。
乳酸菌・酢酸菌・納豆菌
乳酸菌と言えば、牛乳を発酵させたヨーグルトやチーズなどの発酵食品が思い浮かびますが、実は漬物も乳酸発酵によるものです。
乳酸菌は、糖類を分解して乳酸と風味を生み出しますが、乳酸が増えることによってほかの雑菌が増殖しにくくなることから、漬物の保存性が向上するのです。
酢酸菌は、アルコールを酢に変えるもので、酢を作るときに使われます。
納豆菌は言わずもがな納豆を作る時に使われますが、稲わらなど、自然界に広く生息する枯草菌の一種で、加熱した大豆を発酵させて、納豆を作ります。
蛋白質をアミノ酸へと分解し、ナットウキナーゼという酵素を作ります。
納豆菌が蛋白質を分解して、L-グルタミン酸とD-グルタミン酸から成るγ-ポリグルタミン酸ができ、これに果糖（フルクトース）が多数重合した高分子物質であるフルクタンがくっついて、納豆独特のネバネバした糸になります。
納豆の糸引き現象は、納豆菌によって大豆蛋白が分解してできたγ-ポリグルタミン酸によるもので、納豆は良くかき混ぜるとより美味くなると言われるのは、かき混ぜることにより、納豆のネバネバの正体であるγ-ポリグルタミン酸がちぎれて、旨味成分であるグルタミン酸が一部遊離して、旨味が増すからなのです。
